新品推介｜華銀康引進BD Rhapsody單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
2023-01-04 閱讀數(shù)：3418
成年人全身細胞總數(shù)超過40萬億，細胞類型至少100種，而傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組獲得的是細胞群整體的基因轉(zhuǎn)錄信息，忽略了組織中不同細胞內(nèi)基因表達信息，即細胞異質(zhì)性問題。
華銀康集團高通量測序檢測中心引進BD Rhapsody?單細胞分析平臺，提供從方案設(shè)計、測序?qū)嶒灪蛿?shù)據(jù)分析為一體的一站式單細胞轉(zhuǎn)錄組高通量測序服務(wù)，支持生物醫(yī)學(xué)研究者實現(xiàn)科研目的和提升科研高度，幫助深入揭示疾病發(fā)生發(fā)展機制，助力開發(fā)創(chuàng)新治療靶點。
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技術(shù)介紹
單細胞測序則是將細胞群或者組織塊分離成單個細胞并分別標(biāo)記，最終獲取每個細胞的轉(zhuǎn)錄本信息。通過單細胞測序可以幫助研究者從單個細胞水平上對疾病發(fā)展中免疫應(yīng)答、腫瘤異質(zhì)性和器官發(fā)育等方面進行深入探究。
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應(yīng)用方向
?? 腫瘤研究
探究腫瘤及免疫微環(huán)境細胞的異質(zhì)性；
探究腫瘤的耐藥機制、篩選腫瘤治療的靶向藥物；
?? 神經(jīng)生物學(xué)
對神經(jīng)進行細分，提供細胞間通信相關(guān)信息，為疾病治療提供更多思路；
?? 免疫學(xué)研究
進行準(zhǔn)確的免疫細胞亞型分類，為免疫學(xué)研究和相關(guān)疾病的治療提供依據(jù)；
?? 科研方向
揭示基因表達及細胞間通訊對器官或組織發(fā)育的影響；
構(gòu)建單細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，研究關(guān)鍵細胞群和基因的致病機理、發(fā)病機制。
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技術(shù)優(yōu)勢
?? 采用特有的蜂窩板微孔捕獲技術(shù)
具有廣范圍細胞通量和高達80%的微孔板捕獲率，而且通過自然沉降方式捕獲細胞，條件溫和，對細胞損傷極小，有助于捕獲和分析脆弱細胞；
?? 可視化實驗質(zhì)控流程
可視化細胞解離-細胞標(biāo)記-細胞捕獲數(shù)量全過程，有效保證實驗成功率；
?? 實現(xiàn)多個樣本的平行標(biāo)記
提高樣本通路同時減少雙胞率，天然屏蔽和減少樣本間批次效應(yīng)；
?? 對細胞的大小要求更為寬容
直徑50μm的微孔體系可友好兼容各種動植物絕大多數(shù)細胞或原生質(zhì)體粒徑；
?? 實現(xiàn)同一系統(tǒng)內(nèi)多組學(xué)整合
實現(xiàn)同一次實驗、同一平臺、同一樣本、同一磁珠乃至同一個細胞的轉(zhuǎn)錄組、蛋白組和免疫組庫多樣本的多組學(xué)系統(tǒng)；
?? 與流式分析數(shù)據(jù)高度相關(guān)
通過聯(lián)合BD流式細胞分析，實現(xiàn)單細胞所見即所得的高效分析。
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送樣指導(dǎo)
組織樣本以組織保存液或液氮速凍方式保存；
血液樣本量多于3 mL，如用于多組學(xué)研究建議5 mL以上；
細胞樣本量多于3×106；
細胞尺徑范圍在5 μm-50 μm；
細胞活性需大于80% 。
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項目流程
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結(jié)果展示
圖1 小鼠脾臟單細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。約5000個細胞被裝載到BD Rhapsody?單細胞分析系統(tǒng)工作流，獲得的單細胞轉(zhuǎn)錄譜數(shù)據(jù)經(jīng)t-SNE投影后細胞亞群的細胞類型被注釋，包括樹突狀（DC）、濾泡型B（FO B）和生發(fā)中心B（GC B）等13類細胞類型。
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應(yīng)用案例
英文標(biāo)題：Single‐cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders
發(fā)表期刊：Cell & Bioscience（2021; IF=5.03）
甲狀腺乳頭狀癌（PTC）是甲狀腺癌（TC）的主要病理類型，其中性別是影響PTC患者表型的重要因素之一。在本文中，研究者從4名男性PTC患者、7名女性PTC患者和3名結(jié)節(jié)性甲狀腺腫患者身上獲取組織樣本，通過基于BD平臺的單細胞RNA測序（scRNA-seq），表征了涉及性別的PTC單細胞轉(zhuǎn)錄組景觀。
研究者發(fā)現(xiàn)，在男性和女性PTC患者中，惡性上皮細胞被分成了兩個不同的細胞亞群，這兩個亞群表現(xiàn)顯著差異的DNA拷貝數(shù)變異（CNV）、基因表達譜和細胞分化軌跡。除此之外，成纖維細胞和內(nèi)皮細胞與惡性上皮細胞的相互作用網(wǎng)絡(luò)、人白細胞抗原（HLA）家族的成員及其受體的表達上調(diào)被認為是女性PTC患者的典型特征，而轉(zhuǎn)化生長因子β1（TGFB1）及其受體的表達上調(diào)是男性PTC患者的典型特征。上述結(jié)果表明，不同性別的PTC患者組織在細胞分群和免疫細胞浸潤特征上存在顯著差異，包括細胞分化狀態(tài)和細胞的基因表達譜。
圖2 14例患者經(jīng)BD RhapsodyTM單細胞分析系統(tǒng)工作流所繪制的單細胞轉(zhuǎn)錄圖譜。
Peng, M., Wei, G., Zhang, Y. et al. Single-cell transcriptomic landscape reveals the differences in cell differentiation and immune microenvironment of papillary thyroid carcinoma between genders. Cell Biosci 11, 39 (2021). https://doi.org/10.1186/s13578-021-00549-w
